Le Chapitre de Saint-Thomas est chargé d’administrer des fondations possédant des biens et notamment des immeubles bâtis et non bâtis au travers de 26 fondations de droit local issues de différents legs perçus depuis sa création :
La Fondation Saint-Thomas
Les Fondations Haute-Ecole et Corps des Pensions
La Fondation Saint-Guillaume
Diverses autres Fondations (Schenckbecher, Schmutz,...)